• Réduire le texte

    Réduire le texte
  • Rétablir taille du texte

    Rétablir taille du texte
  • Augmenter le texte

    Augmenter le texte
  • Imprimer

    Imprimer

Focus sur quelques projets et actualités

Sommaire
  1. Introduction
  2. Pheno 3C : imposant !
  3. L'Herbipôle du Centre ARA
  4. La fusariose de l’épi surveillée au champ par imagerie
  5. Diabète de type 2: où en est-on aujourd’hui ? Les pistes privilégiées par la recherche
  6. Le point sur l’ostéoporose
  7. Etude prospective des filières viande de ruminants du Massif central à l’horizon 2050 - Les résultats
  8. Le projet Isite clermontois CAP20-25 et le projet Idex Lyon retenus par le jury international
  9. Vivons plus vieux en bonne santé !
  10. Les partenaires du Laboratoire d’Innovation Territorial grandes cultures  en Auvergne concrétisent leur collaboration
  11. D’où viennent les fleurs ? L’« abominable mystère de Darwin » s’éclaircit
  12. Systèmes d'élevage ALlaitant herbagers : Adapter le type génétique et MIXer les espèces pour renforcer leur durabilité? Le projet SALAMIX
  13. La newsletter du Centre Inra Auvergne-Rhône-Alpes
  14. Cartographier le risque associé aux maladies contagieuses
  15. LymeSnap : la science embarque le citoyen des Combrailles
  16. Un gène prometteur pour contrer le pouvoir reproductif des pucerons
  17. Le Centre Inra ARA publie son rapport d’activité 2018
  18. Les plantes au rythme des saisons : guide d'observation phénologique
  19. Amélioration du blé : privilégier la synergie blé – microorganismes
  20. Comment la lumière et le vent modèlent les arbres
  21. Les infrastructures de recherche sur les bovins embarquent en réseau européen !
  22. Les puces à ADN : un concentré de technologie
  23. Mieux emballer les fromages pour plus de goût
  24. Quand image et son dévoilent les poissons…
  25. Le génome de la rose décrypté : de l'origine des rosiers modernes aux caractéristiques de la fleur
  26. "Fort comme un ours"
  27. La viande, de l'élevage à l'assiette
  28. Arbres et ville : l’enjeu de la température
  29. Septoriose du blé : clonage et caractérisation du premier gène de résistance à Zymoseptoria tritici

La fusariose de l’épi surveillée au champ par imagerie

La sélection de variétés résistantes est un des leviers agronomiques pour réduire les risques de fusariose sur céréales. Pour faciliter le travail des sélectionneurs, l’Inra et ses partenaires (Veodis 3D, Limagrain, Secobra Recherches, Agri-Obtention) ont développé un dispositif de phénotypage au champ permettant de juger efficacement et rapidement le comportement des variétés.

Mis à jour le 03/11/2016
Publié le 23/08/2016
Mots-clés :

La fusariose : une maladie cryptogamique préjudiciable au rendement et à la qualité sanitaire

La fusariose de l’épi est une maladie d’origine fongique, causée par un complexe d’espèces appartenant aux genres Fusarium et Microdochium. Elle se traduit par des épillets échaudés de couleur rose-orangé. F. graminearum est aujourd’hui l’espèce majoritaire au champ, qui, outre son impact direct sur le rendement lié aux symptômes de la maladie, pose également un problème sanitaire via la production in planta de mycotoxines, dont la principale est le déoxynivalénol. Cette contamination affecte la qualité sanitaire des grains, les disqualifiant pour une utilisation en alimentation humaine et animale. Une des méthodes permettant de contrôler le développement de cette maladie est l’utilisation de variétés génétiquement résistantes.

Mesurer la sensibilité de l’épi à la fusariose par phénotypage

La méthode actuelle des sélectionneurs repose sur un phénotypage au champ basé sur un examen visuel. Cette évaluation, sujette à interprétation et nécessitant le passage répété d’experts, est incompatible avec un phénotypage à haut-débit. Afin d’apprécier plus finement l’état sanitaire des parcelles et sans porter dommage aux plantes, les scientifiques ont développé une méthode d’imagerie au champ par capteurs optiques, opérationnels quelles que soient les conditions météorologiques, complétée d’un logiciel de traitement et d’analyse d’images pour quantifier la fusariose des épis à l’échelle de la parcelle.

Un dispositif expérimental multi-site éprouvé sur plusieurs variétés et pathosystèmes

La fiabilité du protocole a été testée sur des expérimentations multisites – Clermont-Ferrand (63), Estrées-Mons (80), Maule (78) et Rosenthal (Allemagne) – de 2013 à 2015, sur plus de 400 génotypes de céréales (blé barbu ou non, triticale, orge, escourgeon) et sur divers pathosystèmes. Les cultivars élite de blé tendre, développés par une quinzaine d’obtenteurs entre 1974 et 2012, font partie du panel du programme d’Investissement d’Avenir BreadWheat. Les variétés d’orge (20 cultivars) et de triticale (10 cultivars), représentatives de la diversité morphologique de ces deux espèces, ont été fournies par Secobra et Agri-Obtentions. Sur blé, une contamination artificielle a eu lieu, au stade mi-anthèse, par brumisation d’inoculum de la souche agressive et mycotoxinogène de F. graminearum Fg1.

Développement d’une plateforme d’acquisition d’images et d’outils d’analyse

Le phénotypage in campo a été automatisé en développant une plateforme d’acquisition d’images composées d’un appareil photographique reflex numérique et d’éclairages flash. Les scientifiques ont spécifiquement développé ensuite deux algorithmes complémentaires. Le premier, SegEpis,  basé sur l’analyse de la texture, permet d’isoler les seuls pixels appartenant aux épis, alors que le second, SegFusa, qui prend en compte les différences de couleur, permet quant à lui de calculer la surface des épis symptomatiques.

FusatechProcessing V1 © : un logiciel à destination des sélectionneurs

SegEpis et SegFusa forment désormais FusatechProcessing V1 ©, un logiciel permettant de cibler les imageries propres aux épis, d’en réaliser le comptage et de mesurer la sévérité d’attaque. Cet outil d’aide à la décision, disponible pour les sélectionneurs, permet de réaliser un phénotypage de précision de céréales au champ. Il a été développé avec l’appui du pôle de compétitivité  Céréales Vallée et a reçu le soutien financier de la région Auvergne-Rhone-Alpes et du FEDER (Fonds Européen de Développement Régional).

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

  • Thierry Langin (04 73 62 44 47) UE1375 PHACC Phénotypage Au Champ des Céréales-INRA Site de Crouël-5 chemin de Beaulieu-63039 CLERMONT-FERRAND CEDEX
  • Denis Tourvieille (04 73 62 44 45)
Département(s) associé(s) :
Biologie et amélioration des plantes, Santé des plantes et environnement
Centre(s) associé(s) :
Auvergne - Rhône-Alpes

En savoir plus

Veodis 3D (http://www.veodis-3d.com/)
Le bureau d’études en ingénierie de l’environnement, métrologie et géomorphologie fluviale, Veodis 3D est une spin-off du laboratoire Geolab du CNRS. La société propose une gamme d’outils associés à des logiciels spécialisés : GPS dédié à la topographie et cartographie, bathymétrie, photogrammétrie aérienne et terrestre, systèmes d’information géographique, laser-scanner 3D, développement d’algorithmes de traitement d’images et de vidéos.

A propos de

Le Pôle de Compétitivité Céréales Vallée contribue, par l’innovation, à valoriser durablement les céréales pour répondre aux enjeux alimentaires, non-alimentaires et environnementaux de notre société. Né en 2005, Céréales Vallée est le seul pôle de compétitivité impliqué dans les filières céréalières, de la semence aux produits finis. Implanté en Auvergne et d’envergure internationale, il réunit un plateau de compétences unique en matière d’innovation dans les céréales et fédère plus de 900 acteurs, publics et privés impliqués dans la recherche, l’industrie et la formation des filières céréalières. Dans un contexte de compétitivité mondiale forte, le Pôle facilite le montage et la coordination de projets collaboratifs innovants autour de 4 axes thématiques : Céréales Production Agricole Durable, Céréales Alimentation Animale, Céréales Alimentation Nutrition Humaine, Céréales Agromatériaux.

Les variétés de blé qui ont servi de support aux résultats de recherche ci-dessus présentés, sont celles qui ont été retenues dans le cadre de BreadWheat. Ce projet a pour ambition de soutenir la compétitivité de la filière française de sélection du blé en répondant aux enjeux de société pour une production durable et de qualité.

  • Porteur du projet : UMR INRA-UBP 1095 Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), INRA Auvergne-Rhône-Alpes
  • Durée : 2011 – 2020 (9 ans)
  • Budget : 34 millions d’euros (dont 9 dans le cadre du programme Investissements d’Avenir)
  • 26 Partenaires : 13 laboratoires de recherche publique localisés sur différents centres INRA et Universités à travers la France, 10 entreprises et coopératives semencières et spécialisées en biotechnologies, 2 instituts techniques et le pôle de compétitivité Céréales Vallée.

Dans un effort sans précédent, BreadWheat combine de nouvelles technologies de génotypage et de phénotypage à haut-débit pour identifier les facteurs génétiques impliqués dans les caractères d’intérêt agronomique tels que le rendement, la qualité et la tolérance aux stress biotiques et abiotiques. Il permet de développer de nouvelles méthodologies de sélection et utilise des ressources génétiques inexploitées pour identifier et combiner des allèles d’intérêts pour de nouvelles variétés plus performantes dans des conditions de culture respectueuses de l’environnement et adaptées au changement climatique.